А ведь теперь, после такого официального заключения, владельцы могут требовать от застройщика чтобы от установил гидроизоляцию на всех балконах и плотно подогнал эти синие короба?

Разумеется!

... просто не совсем поняла фразу "в случае необходимости инициировать судебный процесс".  Само собой необходимо решать проблему, чтобы во время ливней людей не топило. 

 И ещё не совсем поняла - нужен ли судебный процесс? Ведь по гарантии мы можем и без суда требовать косяки устранять?

Мари, в "случае необходимости" - потому что может застройщик все-таки добровольно согласится исправить ситуацию. Судебный процесс - это время и большие расходы, поэтому хотелось бы избежать этого.

Требовать-то мы можем (уже второй год требуем), только никто наши требования удовлетворять не собирается...

Если я не ошибаюсь, то наш застройщик, Грандстрой, сейчас строит жилищный комплекс "Союз". По всей логике, судебные процессы ему не на руку, если компания заботится о своей репутации.
(ну, это так... мысли вслух).

Совершенно верно, поэтому судебный процесс - это крайняя мера. Переговоры уже начаты. Застройщик изучает заключение. Когда изучит, мы с ними встретимся и решим, что делать дальше.

По заключению, в основном несоответствие рекомендуемым документам, а рекомендации можно и не выполнять. Не соответствует рабочке, так объект принят в эксплуатацию с таким отступлениями от проекта. Очень маловероятно, что суд будут на стороне жильцов.